Sečoveljske soline so kot značilen krajinski element z bogato in kulturno dediščino zelo pomembne. Da bi jih ohranili je v odloku opredeljen varstveni režim, ki določa omejitev vseh dejavnosti, ki negativno vplivajo na ekologijo krajine in njeno podobo. Predvsem je prepovedan lov, kakršnokoli onesnaževanje zraka, vode in tal, ter vse vrste gradnje. Še posebej v naravnih rezervatih je prepovedano vsako poseganje, ki bi spremenilo življenjske razmere za tamkajšnjo floro in favno. Prav tako je prepovedano uničevati in trgati rastline ter poškodovati gnezdišča in bivališča živali. Kakršnikoli posegi na območju Krajinskega parka Sečoveljske soline so možni le s predhodnim soglasjem Medobčinskega zavoda za varstvo naravne in kulturne dediščine Piran.
Zavarovane so kot krajinski park, razglašene so za območje Nature 2000, kot registrirana kulturna dediščina in na mednarodni ravni kot ramsarsko mokrišče. Krajinski park Sečoveljske soline je prvo zavarovano območje na državni ravni v Sloveniji, ki ga s koncesijo upravlja zasebno podjetje.
